Магаддино, занявший место Бонанно после провала заговора, по слухам, был внесен в список на устранение в том случае, если заговор будет удачно завершен, заговор был провален, а второй его участник Маглиокко скончался от сердечного удара. Бонанно остался без поддержки, один против всех.

И тогда Бонанно решил восстанавливать свое былое положение один, начав по сути безнадежное сражение. Он начал доказывать Комиссии, что она превысила свои полномочия, вмешавшись в дела его семьи. Более того, он пытался доказать, что Комиссия вообще стала по сути незаконным органом, поскольку ей был отведен пятилетний срок, а он истек еще в 1961 году. Ни то, ни другое Бонанно не помогло, но стало еще одной ошибкой мафиози.

Создаваемая им Комиссия превратилась в его злейшего врага, а этот период времени позже получит название «Войны Бонанно». Начались уличные перестрелки, а в 1968 году бывший босс все-таки покидает Нью-Йорк и отправляется на жительство в Аризону. Его место в семье занимает Кармине Галанте, это произошло в 1975 году. К тому времени Бонанно уже успел провести несколько лет в тюремном заключении, будучи обвинен в распространении на восточном побережье наркотиков.